さて、神武天皇と饒速日尊との関係が興味深いが、先の文献は「日本書紀」から次のエピソードを引用している。即ち、神武東征で大和に入った神武天皇とナガスネヒコが戦ったとき、饒速日尊に仕えていたナガスネヒコが「磐船の主が主権者であり、神武天皇は侵略者である」という趣旨を伝えた。「ニギハヤヒが（問題のあった）ナガスネヒコを殺し、神武侵略軍に「帰順」した・・・・・」と書かれている。
（「神社と古代王権祭祀」）
神武天皇は日本の初代天皇であり、磐船神社は日本国の成立と深くかかわっていることになるが、これは研究テーマとしては大きすぎ、かつ重すぎる。神武天皇が即位する以前には天皇はいなかったことになるが、国土の統治者は存在したはずである。議論はともかく、日本の初代天皇は神武天皇であると定義され確定している。

次に天の磐船であるが、古事記以前の歴史書と謳う「竹内文書」によると、（神武以前の）古代天皇は「天空浮船（あめのうきふね）に乗って世界の空を巡行した、とされる。 
しかしながら、「竹内文書」も含め、古代に宇宙航空機が存在したことなど現代のパラダイムでは認められない。むろん磐船神社に祀られている巨岩の「磐船」が空から飛んできたことなどあり得ない。では、磐船伝承の元になる歴史的事実は何であったか、と考える時、最も分かりやすいのは、河川を航行する船である。

「交野市史・交野町略史・復刻編」によれば、「先代旧事紀」に記載された磐船伝承の解釈として、「古代人が事実を巧妙な比喩によって形容したまでのことで、磐船とは天の磐樟船（いわくすぶね）の略であり、樟は古代の最良質の船材で磐のように硬いとされた。　饒速日命はこの船に乗って海洋を渡り大阪湾から河内地方に入った、と述べている。極めて現実的な解である。その後饒速日命の子孫とされる物部氏一族は交野地方に進出し、私市から枚方に至る間の天野川周辺に稲田を開いて発展した。彼らの目に映った船形の巨岩を、「これぞ我が祖先が乗ってきた船だと信じて、篤く崇拝し、ここは一族の聖地とあがめられることになった。」と述べている。
　「磐船」とされる巨岩の存在意義は、物部氏の祖神・饒速日命の神話と伝承、そして真実の歴史を今に伝える媒体となっている、という事であろうか。